В 2001 году «Самарский ГипроНИИавиапром» получил от департамента управления госимуществом администрации Самарской области в аренду на 20 лет земельный участок площадью 4427, 40 кв. м. В октябре 2008 года ООО «Интер-Стандарт» провело оценку земли, на основании которой размер арендной платы был повышен. Однако ОАО продолжило оплачивать аренду в первоначально оговоренном размере. Тогда ТУ ФАУГИ обратилось в арбитражный суд с иском, в котором потребовало взыскать с «ГипроНИИавиапрома» 3, 9 млн руб. долга и 372 тысячи руб. пени за просрочку платежей. Рассмотрев дело, арбитраж принял сторону «Самарского ГипроНИИавиапрома» и отказал ТУ ФАУГИ в удовлетворении иска. Ведомство обжаловало это решение в апелляции, но 30 ноября вторая инстанция суда подтвердила его правомочность. Основным владельцем ОАО «Самарский ГипроНИИавиапром» (56, 04%) является ООО «Кедр», 25, 49% принадлежат ФАУГИ, остальные акции распределены среди физических лиц.