Размеры стипендий в ТГУ выше аналогичных выплат в вузах ряда других федеральных округов. Об этом сообщается на официальном сайте университета Михаила Криштала. Кроме того, в декабре 2016 года по решению федерального Минобрнауки объем стипендиального фонда ТГУ прошлого года был увеличен на 12,6 млн рублей. Если средний размер академической стипендии за 2016 год (бакалавры, специалисты, магистры) в ПФО составляет 2314 рублей, а в целом по России — 1800-2600 рублей, то в ТГУ он равен 3079 рублей (для магистров — 3600 рублей). Для бакалавров и магистров, обучающихся на отлично, стипендии составляют 3300 рублей и 4300 рублей. Средний размер социальной стипендии в ТГУ достигает 3300 рублей, тогда как в ПФО в среднем ее выплачивают в размере 2570 рублей. Средний размер академической и социальной повышенной стипендии по итогам 2016 года составляет 9700 рублей (для сравнения: 9466 рублей — в ПФО и 9621 рубль — по России). Стипендия устанавливается за достижения в учебной, общественной, спортивной, научно-исследовательской и культурно-творческой деятельности.