Главным направлением деятельности ЦЭНКИ является обеспечение работы объектов космодрома Байконур. Для «Прогресса» центр проводил опытно-конструкторские работы, которые позволили продлить срок службы технического комплекса, где проходит подготовка к пуску космических ракет-носителей. Кроме того, в интересах самарского завода ЦЭНКИ занимался непосредственно подготовкой и пуском ракет-носителей с космическими аппаратами. С конца 2017 года «Прогресс» предъявил ЦЭНКИ более 20 исков о взыскании денег. Только в марте стартовало 9 разбирательств. Общая сумма требований самарского предприятия составляет около 30 млн рублей. Основанием для претензий стали многочисленные неустойки, сформировавшиеся по договорам оказания услуг. ЦЭНКИ не смог выполнить свои обязательства в срок, в отдельных случаях период просрочки составил около 500 дней. На основании этого за каждый день «Прогресс» начислил контрагенту неустойку и теперь намерен получить с него деньги через суд.