Рубаков был задержан сотрудниками ФСБ в начале июня 2017 года в момент получения 2,5 млн руб. от директора ГКУ СО «УКС» и исполнительного директора СОФЖИ Реналя Мязитова. Деньги предназначались за решение вопроса об уголовном преследовании Мязитова по уголовному делу ГУП СО «Стройконтроль». В ответ на предложение помощи исполнительный директор СОФЖИ написал на чиновника заявление в правоохранительные органы. В итоге Рубакову вменили обещание посредничества во взяточничестве и отправили под домашний арест. Позднее у следствия появились данные о возможной причастности фигуранта еще и к эпизоду мошенничества. По версии следствия, 30 мая 2017 года подозреваемый под предлогом «способствования изменению технических условий подключения к ливневой канализации» проектируемого жилого комплекса на улице Водников в Самаре незаконно завладел денежными средствами директора фирмы, осуществляющей проектирование, в сумме 5 млн руб. По информации «СО», речь идет о комплексе зданий на улице Водников, 33, в которых ранее располагалось геронтологическое отделение городской клинической больницы №3. Этой недвижимостью управляет ООО «Преображенский двор», руководимое Алексеем Пискуновым.