Задолженность АК «Самара» перед федеральной службой Росаэронавигации превысила 5,6 млн руб. Это неуплаченные сборы за аэронавигационное обслуживание на воздушных трассах. Как пояснили СО в федеральном ведомстве, обслуживание чартерной программы будет возобновлено, как только перевозчик рассчитается по своим долгам. Как заявили в Росаэронавигации, «образование таких задолженностей свидетельствует только о нестабильном финансовом положении компании и ее неспособности обеспечить безопасность полетов». Между тем эксперты полагают, что уведомление федерального ведомства останется угрозой на бумаге. Росаэронавигация неоднократно заявляла о запрете полетов авиакомпанийдолжников, однако ни один запрет не был введен. ОАО АК «Самара» входит в состав авиационного альянса AiRUnion, созданного в начале 2005 года и объединяющего ОАО «Авиакомпания «Красноярские авиалинии», ОАО «Домодедовские авиалинии», ОАО «Авиакомпания «Омскавиа» и ОАО «Сибавиатранс».