20 ноября 2007 года ООО «Авиакор-Аэропорт» обратилось в арбитражный суд Самарской области с заявлением, в котором требовало обязать ИФНС РФ по Кировскому району Самары произвести зачет переплаты по НДС в сумме 2,09 млн рублей. Деньги требовалось учесть в счет погашения 2,07 млн рублей недоимки по НДС за период с I квартала 2003 года по IV квартал 2004 года. Согласно представленным истцом документам, о наличии переплаты компании стало известно 13 февраля 2007 года при проведении расчетов с инспекцией. Налоговый орган с заявленными требованиями не согласился, ссылаясь на истечение трехлетнего срока для подачи заявления о зачете с момента уплаты излишнего налога. Кроме того, самостоятельно инспекция не может принять решение о проведении этого зачета. Однако сам факт переплаты ответчик не отрицает. Изучив материалы дела и представленные акты сверки счетов, суд не согласился с доводами налогового органа. Мотивом для отказа стала ст. 78 Налогового кодекса РФ, регламентирующая порядок зачета и возврата излишней уплаченной суммы налога, сбора или же пеней и штрафов, которая предусматривает, что налоговый орган обязан сообщить налогоплательщику о факте излишней уплаты налога не позднее одного месяца со дня обнаружения такого факта. Сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату. Материалами дела было установлено, что заявитель о наличии у него переплаты узнал 13 февраля 2007 года- во время проведения сверки расчетов. Таким образом, суд посчитал, что налоговый орган без наличия правовых оснований отказал заявителю в проведении зачета и удовлетворил требования заявителя.